Pokój w 1635 roku i wyjazd księcia Jana Chrystiana bynajmniej nie przerwały wojny. Wojska saskie bezlitośnie wykorzystywały kwaterunek w Brzegu, a kiedy opuściły miasto latem 1635 roku to dwa dni później ich miejsce zajęły wojska cesarskie.
Śmierć Jana Chrystiana w Ostródzie w 1639 roku otworzyła drogę do władzy jego synom. Jerzy III, Ludwik III i Chrystian rządzili wspólnie przez 14 lat (1640 - 1654). W tym czasie na Śląsk dotarła fala "potopu" szwedzkiego. W roku 1642 wojska szwedzkie pod dowództwem Torstensona otoczyli Brzeg. Oblężenie trwało od 29 czerwca do 25 lipca i pomimo osuszenia fosy, ostrzałów artyleryjskich i braku żywności - miasto zdołało odeprzeć ataki i doczekać się odsieczy cesarskiej. Niewątpliwą zasługą były doskonałe fortyfikacje budowane jeszcze przez księcia Jerzego II. Wojska cesarskie na nowo ulokowały się w Brzegu.
Rok 1648 zakończył pokojem westfalskim wojnę trzydziestoletnią. Księstwo brzeskie, tak jak i cały Śląsk były kompletnie zniszczone i wyludnione. Pomimo, że miasto wróciło pod zarząd książęcy w 1650 roku to wojska cesarskie stacjonowały tu aż do 1668 roku.
Bracia rządzili wspólnie do 1654 roku, kiedy to zmarł ich wój - książę legnicki Jerzy Rudolf. Wtedy to podzielili się władzą: Jerzy III - Brzeg. Ludwik III - Legnica, Chrystian - Wołów i Oława. Jerzy III rządził Brzegiem 10 lat od 1654 - 1664r. Był lojalnym poddanym cesarza. W 1659 roku złożył hołd nowemu cesarzowi Leopoldowi I. W sprawach dworskich uznawał przepych i dworską etykietę. W latach jego panowania umocniono fortyfikację miasta. Książę dokonał pewnych przeróbek w zamku, upiększając go i rozbudowując.
W roku 1664 umiarł w Legnicy Ludwik III, a zaraz po nim także Jerzy III. Ponieważ nie miał dzieci to wszystkie księstwa: brzeskie, legnickie i wołowskie z Oławą skupiły się w ręku najmłodszego z braci - Chrystiana.
Był to człowiek cichy małomówny wręcz melancholijny. Lubił ciszę, spokój, samotność. Sprawował władzę w trzech księstwach lecz swoją rezydencją uczynił Brzeg. Okres w którym panował był spokojny. Zmarł w roku 1672 pozostawiając 12 - letniego syna Jerzego Wilchelma i żonę - regentkę Ludwikę Anhalcką.