Kościół św. Jadwigi zawdzięcza swoje powstanie największemu mecenasowi Brzegu doby średniowiecza - księciu Ludwikowi I. Zbudował on w roku 1360 kaplicę przyzamkową pod wezwaniem św. Jadwigi. Jednak już po 9-ciu latach rozpoczął przebudowę kaplicy w kościół przyzamkowy i oddał patronat nad nim kolegiacie (szkole), którą sam ufundował. Kościół spełnia nie tylko funkcje kościelne, Jest też miejscem kultu św. Jadwigi - patronki rodu Piastów i całego Śląska. Spełnia rolę dworskiej świątyni będąc miejscem książęcych uroczystości rodzinnych-ślubów, chrztów, intronizacji. Tutaj też składano zmarłych książąt i ich najbliższych. Książę Jerzy II przebudował kościół na mauzoleum dynastii. Spoczynek znalazło tu 43 członków Piastów linii brzesko - legnickiej , najdłużej żyjących potomków pierwszej dynastii panującej w Polsce. Kościół stał się największą nekropolią piastowską w Polsce.
Od 1534 roku protestancki, powraca po 143 latach w ręce katolików. Bombardowanie Brzegu w 1741 roku nie oszczędziło również tego kościoła. Wraz z zamkiem został mocno zniszczony.
Pozostawał w ruinie przez 42 lata, ponieważ nowy, przestronny kościół św. Krzyża nie stwarzał potrzeby uruchamiania małego kościółka w dodatku z nagrobkami protestanckich książąt. W 1783 roku jezuita Ksawery Boenisch podjął się odbudowy, lecz wrogo nastawiony do wszystkiego co protestanckie kazał usunąć książęce nagrobki, epitafia, malowidła i różne sprzęty liturgiczne. Budowniczowie bardzo "sumiennie" wykonali polecenia niszcząc dodatkowo kilka sarkofagów Piastów w krypcie. Zmieniono wówczas orientację prezbiterium ze wschodniej na zachodnią.
Do dzisiaj zachowały się w krypcie 22 sarkofagi piastowskie. Kilkanaście poddano konserwacji i przeniesiono do piwnic zamku, gdzie są eksponowane.