Kościół św. Mikołaja w Brzegu zaliczany jest do jednych z największych bazylik gotyckich na Śląsku. Wybudowano go w miejscu starszej, murowanej budowli, którą wymienia się w źródłach w 1279 roku. II połowa XIV wieku to dynamiczny rozwój gospodarczy miasta i księstwa, który był zasługą mądrych rządów księcia Ludwika I.
Bogactwo mieszczan pozwoliło na sfinansowanie olbrzymiej budowy - wielkiej, gotyckiej bazyliki. Pomoc finansową okazał również sam książę. Rajcy miasta zamówili projekt u mistrza wrocławskiego Gunthera, który powtórzył schemat wrocławskich kościołów : św. Marii Magdaleny oraz św. Elżbiety. Kościół św. Mikołaja budowano przez około 50 lat, od 1370 roku do 1420. Zmieniło się wówczas wielu mistrzów budowlanych, którzy nadawali bazylice nowoczesny i modny wówczas wystrój detalu, pozostawiając nienaruszoną główną koncepcję architektoniczną.
Kościół ma trzynawową charakterystykę bazyliki z wydłużonym korpusem pozbawionym podziału na chór i partie naw. Wybujała strzelistość nawy głównej z gwiaździstym sklepieniem i wysmukłymi oknami skontrastowano z niskimi, szerokimi i ciemnymi nawami bocznymi. Nawę główną od bocznych oddzielono prostymi filarami i linearnymi przęsłami, nie ograniczającymi przestrzeni wnętrza. Kościół posiadał niezwykle bogaty wystrój rzeźbiony w drzewie oraz wspaniały zespół witrażowy. Niestety do dzisiaj zachowały się tylko fragmenty. Drewniane części spłonęły podczas ostatniej wojny, a szczątki wyposażenia znajdują się w Muzeum Narodowym we Wrocławiu oraz w Muzeum Piastów Śląskich w Brzegu. Natomiast dwie kwatery orginalnych witraży znajdują się w Muzeum Narodowym w Poznaniu.
W roku 1523 w Brzegu zwycięża reformacja. Książę Fryderyk II wprowadza w księstwie wyznanie luterańskie, jako obowiązujące. Już w 1525 roku kościół św. Mikołaja zaczyna funkcjonować jako kościół protestancki. Taką rolę pełni aż do 1945 roku ( 420 lat ). W ściany i filary kościoła wmurowywano kamienne i drewniane epitafia bogatych mieszczan brzeskich. Pod koniec XIX wieku nadbudowano wieże kościoła jako odpowiedź na podwyższenie wież w katolickim kościele św. Krzyża.
Podczas zdobywania miasta na przełomie styczeń / luty 1945 roku kościół doszczętnie spłonął, a następnie przez 13 lat (do 1958 roku) pozostawiony bez opieki - niszczał. W roku 1958 z inicjatywy księdza Kazimierza Makarskiego podjęto się odbudowy kościoła według wzorów z 1370 roku. Odkryto wówczas w zachrystii późnogotyckie freski ścienne.
Obecnie kościół funkcjonuje jako świątynia katolicka.